Пермь является муниципальным образованием и имеет статус городского округа (в соответствии с Федеральным законом от 6 октября 2003 года № 131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» с последующими изменениями и дополнениями).
Устав города Перми принят решением Пермской городской Думы от 13 марта 1996 года. В ноябре 2005 года в Устав были внесены изменения в рамках реформы местного самоуправления в России и сформирована новая система городского самоуправления.
Представительным органом городского самоуправления является Пермская городская Дума, состоящая из 36 депутатов, избираемых населением города в одномандатных округах сроком на пять лет. Выборы действующего состава Пермской городской Думы четвёртого созыва состоялись 12 марта 2006 года. В составе Пермской городской Думы образовано семь комиссий.
Высшим должностным лицом городского округа является Глава города Перми, избираемый населением города сроком на пять лет (с 31 марта 2006 года - Игорь Николаевич Шубин). Глава города также осуществляет полномочия председателя Пермской городской Думы.
Исполнительно-распорядительным органом городского самоуправления является администрация города Перми, руководство которой осуществляет глава администрации (с 30 мая 2006 года - Аркадий Борисович Кац). В СМИ для этой должности обычно используется неофициальное название «сити-менеджер». Глава администрации города Перми назначается на должность Пермской городской Думой из числа кандидатов, представленных конкурсной комиссией по результатам конкурса. К компетенции администрации города относится решение ключевых социально-экономических задач местного значения:
разработка проекта городского бюджета и его исполнение;
разработка программ социально-экономического развития и их исполнение;
управление и распоряжение муниципальной собственностью;
контроль за землепользованием, состоянием застройки и благоустройства;
обеспечение предоставления услуг в области образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты населения, физической культуры и спорта, городского пассажирского транспорта общего пользования, жилищно-коммунального хозяйства и других в пределах полномочий, установленных федеральным законодательством.
Структурными подразделениями администрации города являются аппарат администрации, департаменты (имущественных отношений, экономики и инвестиций, финансов, планирования и развития территории города и др.), муниципальные управления (внешнего благоустройства, жилищно-коммунального хозяйства, здравоохранения и др.), комитеты (по образованию и науке, по транспорту, социальной защиты населения и др.), отделы (по работе с общественностью и развитию самоуправления, по межведомственной координации антинаркотической деятельности и др.), комиссия по делам несовершеннолетних, муниципальная инспекция по содержанию территории города.
Управление внутригородскими территориями осуществляют территориальные органы администрации города - администрации районов и администрация посёлка Новые Ляды. Их главы назначаются на должность и освобождаются от должности главой администрации города Перми с согласия Пермской городской Думы.
Для осуществления муниципального финансового контроля и контроля за управлением муниципальной собственностью образована Контрольно-счётная палата города Перми. Она образуется Пермской городской Думой.