Важной особенностью российского налога на прибыль было ограничение на включение в состав затрат многих типов расходов, как текущих, так и капитальных, в результате чего происходило обложение налогом части затрат предприятия. Последствия такого налогообложения заключались в искажении решений как об объеме выпуска, так и об объемах инвестирования. Разумеется, полное исключение из базы налогообложения всех экономических издержек технически неосуществимо. Но в России ограничения вводились даже в тех случаях, когда оценка затрат не являлась проблематичной, а возможности злоупотребления были ограниченными.
Нормы амортизации, с одной стороны, были весьма низкими (при равномерном начислении амортизации предполагались нереально длительные сроки службы основных средств) и не обеспечивали экономической амортизации основного капитала, позволяющей обеспечить его воспроизводство, а, с другой стороны, разрешалось начисление амортизации на все элементы капитала, не принимая во внимание их фактический возраст, что увеличивало размеры амортизационных отчислений. Такое положение искажало оценку затрат капитала. Если принять во внимание инфляционные процессы, снижавшие реальную величину амортизационных отчислений, а также отсутствие регулярной переоценки основных фондов, то очевидно, что налог на прибыль увеличивал предельные затраты предприятий на капитал.
В то же время для обеспечения нейтральности налога на прибыль необходимо, чтобы разрешенный метод амортизации обеспечивал действительное возмещение фактического экономического износа капитальных активов. Этому может способствовать, например, свободное начисление амортизации (разрешение немедленного списания активов) без вычета процента и финансирование инвестиций за счет выпуска облигаций. В других ситуациях при установлении налога на прибыль затраты на капитал могут как уменьшаться, так и увеличиваться.
Одновременно в России ограничивался вычет из базы налога на прибыль части затрат на заработную плату, командировочных расходов, расходов на рекламу, представительских расходов.
Рассмотренные проблемы налогообложения безусловно искажали принятие решений предприятиями. Регламентация исключения из налогооблагаемой базы ряда затрат на производство, устаревшие нормы амортизационных списаний влекли за собой увеличение эффективной ставки налога в сравнении с законодательно установленным уровнем. Однако установить, каков был результирующий эффект описанных особенностей налогообложения - происходило ли стимулирование замены труда капиталом или наоборот, по-видимому, не является возможным, т.к. реальные соотношения затрат обоих факторов, разрешенных к включению в себестоимость, постоянно изменялись, как вследствие неравномерной динамики относительных цен, так и в результате спорадических индексаций параметров налоговой системы.